В логике известны и специальные сравнительные приемы, или схемы. К их числу относятся прежде всего традиционные методы изучения взаимосвязи признаков, которые в стандартном курсе логики называются методами выявления причинной связи и зависимости явлений, или методами Бэкона—Милля. Эти методы описывают ряд простых схем исследовательского мышления, которые ученые применяют при выполнении процедур сравнения почти автоматически. Значительную роль при сравнительном исследовании играют и умозаключения по аналогии. В том случае, когда операция сравнения выходит на первое место, становясь как бы смысловым ядром всего научного поиска, т.е. выступает ведущей процедурой в организации эмпирического материала, говорят о сравнительном методе в той или иной области исследований. Ярким примером этого служат биологические науки. Сравнительный метод сыграл важнейшую роль в становлении таких дисциплин, как сравнительная анатомия, сравнительная физиология, эмбриология, эволюционная биология и др.
С помощью процедур сравнения осуществляют качественное и количественное изучение формы и функции, генезиса и эволюции организмов. С помощью сравнительного метода упорядочивается знание о многообразных биологических феноменах, создается возможность выдвижения гипотез и создания обобщающих концепций. Так, на основе общности морфологического строения тех или иных организмов естественным образом выдвигают гипотезу об общности и их происхождения или жизнедеятельности и т.п. Другим примером систематического развертывания сравнительного метода может служить проблема дифференциальной диагностики в медицинских науках, когда именно сравнительный метод становится ведущей стратегией анализа информации о сходных симптомокомплексах. Чтобы детально разобраться в многокомпонентных, динамичных массивах информации, включающих различного рода неопределенности, искажения, многофакторные феномены, применяют сложные алгоритмы сравнения и обработки данных, включая и компьютерные технологии.