Примером еще одной важной проблемы является сложность выделения самого объекта наблюдения, установление единиц членения наблюдаемого явления. В современных поведенческих науках, осуществляющих т.н. этологический анализ, достаточно трудной задачей оказывается выделение элементарных единиц поведения у тех или иных объектов изучения (поведения человека, животных), а также определения более сложных динамических комплексов, структурно завершенных сообщений и т.п. Без предварительной разметки сложного явления невозможно осуществить само научное наблюдение. Наконец, укажем на круг проблем, связанных с особенностями современных инструментальных наблюдений. Я. Хакинг, анализируя методики микроскопирования, указывает, что процесс наблюдения через микроскоп лишь весьма отдаленно похож на обычное смотрение, или восприятие. Это скорее, «делание», включающее технику препарирования, манипуляции с объектом. Наблюдать через микроскоп — значит применять сложные и специфические навыки, ведь картина, открывающаяся в световых и прочих микроскопах, совершенно не похожа на обычные макроскопические изображения, что требует привлечения специальных усилий (выявления артефактов, интерпретации, сравнения данных и т.п.)1. Приведенные примеры показывают, что проблематика наблюдения самобытна и сложна; она отсылает к кругу специфических теоретико-методологических вопросов.
В связи с усилением значимости экспериментального метода, начавшегося в Новое время, наблюдение как неинтенсивный метод исследования, неуклонно сдавало свои позиции и постепенно отошло на задний план в структуре научной методологии. Однако в XX в. методология наблюдения вновь стала возвращать свое положение. В философии науки тоже происходит возрождение интереса к наблюдению, особенно в последние десятилетия XX в. Реабилитация наблюдения связана с выявившимися ограничениями экспериментального метода и, наоборот, с некоторыми достоинствами наблюдения. Так, эксперимент как метод интенсивного вмешательства в изучаемый объект приемлем далеко не всегда, ведь часты и те ситуации, которые требуют как раз сохранения объекта в неприкосновенности, в его естественном состоянии (как, например, в поведенческих науках). Далее, наблюдение оказывается единственно возможным видом эмпирического исследования в случае изучения отдаленных объектов, а, скажем, изучение космических процессов является сегодня важнейшим источником развития для современной физики (например, серьезные данные в пользу общей теории относительности были получены именно в результате астрономических наблюдений). И наконец, в гуманитарных науках, где роль эксперимента по ряду известных причин вообще весьма ограничена, именно на наблюдении лежит важнейшая методологическая нагрузка. В том числе традиционно велика роль наблюдения в медицинских науках и, видимо, она всегда сохранится такой при любом состоянии технической оснащенности медицины.