Важную роль в ходе этой стадии работы имеет, как известно, составление и ведение протокола исследования (лабораторного журнала). В протоколе фиксируется информация о ходе эксперимента, действиях экспериментатора, состоянии изучаемого объекта. Протокол является научной основой для последующего анализа и обобщения результатов, а также не только фактическим, но даже юридическим доказательством правомерности сделанных иследователем выводов (есть случаи, когда для присуждения ученой степени комиссии требовалась проверка фактических данных по первичным документам исследования). Поэтому к записям протокола приложимо требование точности и подробности: исследовательский протокол должен быть изначально ориентирован на достижение интерсубъективной значимости полученных результатов. Вообще в работе экспериментатора как на предварительной стадии, так и в ходе проведения исследования должно быть внимательное отношение к деталям.
Наблюдательность, точность, аккуратность, даже некоторая педантичность — важнейшие добродетели экспериментатора; эти качества отличают профессионала от дилетанта. И, конечно, для занятий экспериментальной наукой требуется особый талант экспериментатора. В экспериментальной науке, как, впрочем, и во всех других видах научной деятельности, многое зависит от личности исследователя, ярко видна роль субъекта как непосредственного автора научной работы. Не следует забывать и о том, что в ходе реализации программы эксперимента исследователь не перестает мыслить теоретически. Уже на стадии проведения экспериментального исследования ученый осуществляет первичную обработку получаемых им результатов, дает им оценку и решает вопрос о дальнейшем ходе эксперимента. Предварительная обработка данных позволяет исследователю адекватно откликаться на изменения ситуации, варьировать нужные параметры, активно управлять процессом. Уже на этой стадии ученый может столкнуться с данными, имеющими принципиальное теоретическое значение, поэтому уже здесь эксперимент непосредственно встречается с теоретизированием.